ปุ๋ยอินทรีย์ เป็นปุ๋ยที่ได้จากอินทรีย์วัตถุซึ่งผลิตด้วยกรรมวิธีต่างๆ เช่น สับ บด หมัก ร่อน หรือวิธีการอื่นๆ ซึ่งรวมทั้งปุ๋ยคอก (จากมูลสัตว์) ปุ๋ยหมัก (จากเศษพืช) และจะเป็นประโยชน์ต่อพืชก็ต้องผ่านขบวนการเปลี่ยนแปลงต่างๆ ทางชีวภาพเสียก่อน
ในการดำเนินงานตามระบบก๊าซชีวภาพในฟาร์มเลี้ยงสัตว์ ซึ่งอาศัยเทคโนโลยีในการหมักย่อยสลายสารอินทรีย์ในน้ำมูลสัตว์ในสภาพไร้ อากาศ (Anaerobic Digestion) นอกจากจะได้มาซึ่งพลังงานในรูปของก๊าซชีวภาพและการบำบัดน้ำเสีย และลดมลภาวะที่เกิดจากสารอินทรีย์ เช่น กลิ่น และแมลงวันแล้ว กากที่ผ่านการย่อยสลายแล้ว ยังมีคุณสมบัติเป็นปุ๋ยอินทรีย์ปราศจากกลิ่น เหมาะที่จะนำไปใช้ในการปรับปรุงบำรุงดินเป็นอย่างยิ่ง เรียกว่า “ปุ๋ยจากระบบก๊าซชีวภาพ”
